Muzeum kieruje Dyrektor MNZP przy pomocy Zastępcy Dyrektora.
Podstawą działania Muzeum jest roczny plan działalności statutowej zatwierdzony przez Radę Muzeum.
Wewnętrznymi, powoływanymi przez Dyrektora, organami opiniodawczymi są Kolegium Kustoszy oraz Komisja ds. Zakupu Muzealiów.
Finansowanie działalności odbywa się ze środków budżetowych i pozabudżetowych.
Dyrektor MNZP:
Jan JAROSZ
Zastępca Dyrektora MNZP:
Marek MIKRUT
Główny Księgowy:
Witold PANIW
Główny Inwentaryzator:
Bożena FIGIELA